Enillodd The Welshman, rhaglen ddogfen am fywyd Owain Williams, un o sylfaenwyr Mudiad Amddiffyn Cymru, yn y categori Ffilm Fer.
Cafodd y ffilm ei chreu gan ddau o raddedigion Prifysgol Bangor, y cyfarwyddwr Lindsay Walker a’r cynhyrchydd Enlli Fychan Owain, sy’n ferch i Owain Williams.
“Rydw i ar ben fy nigon,” meddai Lindsay Walker. “Alla i ddim credu bod y Cymro wedi ennill BAFTA! Creuwyd y ffilm yn hollol annibynnol.
“Roedden ni yn erbyn cystadleuaeth o safon uchel gyda chyllidebau llawer mwy y tu ôl iddyn nhw. Creuwyd The Welshman gyda £0.”
Graddiodd Lindsay Walker gydag MA mewn Gwneud Ffilmiau ym Mhrifysgol Bangor, tra cwblhaodd Enlli Fychan Owain radd mewn Astudiaethau’r Cyfryngau.
“Rydw i mor ddiolchgar fy mod wedi gallu mynychu ysgol ffilm, yn enwedig yn fy nhref enedigol,” meddai Lindsay Walker.
“Roedd yn fan cychwyn i weithio yn y diwydiant a dysgu sut i fod yn ddyfeisgar.”
Roedd Enlli Fychan Owain hefyd yn un o dri a enwebwyd ar gyfer gwobr ‘Torri Trwodd’ BAFTA Cymru.
Ynghyd â dau arall, cafwyd Owain Williams - sydd bellach yn gynghorydd - yn euog a'i garcharu am blannu dyfais ffrwydrol ger cronfa ddŵr Tryweryn i'r gogledd o'r Bala ym 1963.
Roedd y weithred yn rhan o brotest ar ôl i ddwsinau o bobl gael eu gorfodi i adael eu cartrefi yng Nghapel Celyn pan foddwyd y pentref i greu cronfa ddŵr.
Cafodd y prosiect ganiatâd cynllunio gan San Steffan er iddo gael ei wrthwynebu gan bob Aelod Seneddol o Gymru.
Dywedodd Lindsay Walker: “Er bod stori Tryweryn wedi cael ei hadrodd lawer gwaith, mae hon yn ffilm wahanol iawn i’r gweddill. Mae'n mynd dan y wyneb.
“Fe’i crëwyd gyda chriw bach iawn, pob un yn byw yng Nghymru, pob un ag angerdd i adrodd y stori hon yn y modd y mae’n haeddu cael ei hadrodd.
“Rydyn ni’n dibynnu at gefnogaeth y gymuned Gymreig er mwyn sicrhau bod y ffilm yn lledaenu mor bell ac agos â phosib.
"Dylai nid yn unig pobl Cymru, ond hefyd rai y tu allan i Gymru, weld y ffilm a’n helpu ni i ddeall ein hanes ar ein telerau ein hunain.
“Mae ein hanes wedi cael ei gladdu am lawer gormod o amser.”
Meddai Dr Dyfrig Jones, pennaeth Adran Ysgrifennu Creadigol, Llenyddiaeth Saesneg, Ffilm, y Cyfryngau a Newyddiaduraeth: "Mae'n newyddion gwych gweld Lyndsay ac Enlli yn gwneud mor anhygoel o dda, ac maen nhw ill dau yn glod i'r Brifysgol. Mae ennill BAFTA nid yn unig yn dyst i'w talent anhygoel, ond hefyd eu hymrwymiad a'u gwaith caled. Rydyn ni i gyd yn hynod falch o'r hyn maen nhw wedi'i gyflawni. "